前面讲到功能性胃肠病引起腹胀、腹痛、腹泻、反酸、烧心等症状，但内镜检查也无法查到实际的病变，所以西医治疗只能针对症状下手，同时给予一些精神类的药物或者心理辅导，这类手段确实起效很快，但病情很容易反复复发。
中医治疗重视从发病根源解决问题，而功能性胃肠病的常见病因在中医角度来看，不外乎四种，即饮食不节、劳逸过度、情志内伤、外感时邪。其中，又以饮食不节和情志内伤最为常见，因为随着时代的发展，这两种因素的变化是最大也是最复杂的。
饮食不节生病患古时物质条件相对匮乏，人们饮食的种类比较单一，老百姓想吃顿肉并不容易，至少是家境殷实的人才能时常食用荤菜。但现在我国人民进食禽畜类的比例可与过去不知道翻了多少倍，而且现代国人的饮食结构还受西方影响，导致很多人过度地进食肥甘厚腻的食物，这种不良的饮食习惯自然第一个伤的就是脾胃了。
脾主升清，胃主降浊，两者相合构成人体气机升降的枢纽。脾升胃降的协调统一在维持人体气机调畅和五脏六腑功能的正常中起着重要作用。所以一旦饮食损伤脾胃，使脾胃失去正常的运化与升降功能，就会引起水湿、食积滞于中焦，进而导致气滞、血瘀、湿阻、痰浊等相因为患，造成我们刚才说的那些功能性的肠胃症状。
这种情况在治疗时需要根据患者的症状，把疏通与补益相结合，使脾胃功能升降和运化功能恢复，铲除导致功能性胃肠病的源头，这样才能使病去后不易复发。
情志变化多烦忧情志方面的原因也来自于社会的变化，过去的社会结构和人际关系相对简单一些，引起情绪波动的点也要少一些。当然，因情志原因致病的例子古已有之，但绝没有现在这么多且复杂。现在的中医医师，在诊室守着就能见到世间百态，有人中了彩票或炒股投资，一夜暴富结果乐极生悲；有人之前是达官显贵，后变成了平民百姓，地位落差导致失*落魄；也有人总是心无长性，工作三心二意，总是频繁“跳槽”而导致心态出现问题。
中医将人的情志变化归为七类，即喜、怒、忧、思、悲、恐、惊，正常的情绪活动可以调和气血、协调阴阳，是机体适应自然环境和社会的保证。但若七情过极，则易导致气机紊乱，而我们上次也说过，人体气机升降有序对位处中焦的脾胃意义重大。怒则气上、喜则气缓、悲则气消、恐则气下、思则气结，随着气机紊乱，脏腑阴阳气血失调，进而导致了包括功能性胃肠病在内的多种情志疾病发生，所谓“气血冲和，万病不生；一有怫郁，诸病生焉”就是这个道理。
这不仅是中医学的观点，西医也认同功能性胃肠病为一种身心疾病，精神因素在发病过程中起了重要作用，而且身与心常常相互影响，互为因果，形成了一个恶性循环，顽固性的功能性胃肠病患者尤其如此。
所以，西医在治疗功能性胃肠病时会使用心理辅导和精神类药物，这部分药物还是有一定副作用的，我个人认为应该谨慎。建议此类功能性胃肠病患者还是通过辨证后进行中药调治，并适当辅助一定的心理疏导，同时自身也要注重修身养性，保持心态平和，这样才能达到最佳的治疗效果。
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