消化不良主要由：胃肠道蠕动减慢、胃肠道内各种消化酶（胃酸、胃蛋白酶、胆汁、胰液）的分泌不足、胃肠道的血供不足、交感神经兴奋引起胃肠蠕动减慢、胃溃疡、幽门门螺旋杆菌的感染、精神心理因素、肠道内缺乏肠道益生菌、肠道菌群失调、食用腐败变质食物等因素所致。
腹痛是消化不良最常见的一个症状，很多患者在出现消化不良时，会伴随有腹痛的症状；有些患者还会出现腹泻，大多数腹泻都是间歇性的，偶尔也有患者会出现持续性的腹泻，少数患者还可能出现便秘，持续的消化不良还会导致患者出现食欲不振、没有胃口，从而导致身体营养物质不足或者是营养物质的吸收不足，甚至会引起体重下降，身体消瘦等临床表现。
此外某些患者由于消化不良会出现打嗝的症状，消化不良会持续性打嗝，同时还伴有胃胀，胃脘部灼热不适，恶心等，这些都是消化不良的常见症状，当然这些症状并不会同时发生，只会发生其中的某一些症状。
对于消化不良，应根据病因的不同来治疗，如果有原发性疾病，可以先治疗原发性疾病，当原发疾病治愈后，消化不良症状亦会缓解，例如患者本身患有胆道疾病，由胆汁分泌不足所引起的消化不良，那就优先治疗胆道疾病，在胆道疾病治疗后，消化不良的症状亦会随之缓解，如果患者是由于胃肠道蠕动功能减慢，可以口服吗丁啉以促进胃肠道蠕动往往会有很好的效果。